คิระเป็นโคออร์ดิเนเตอร์รุ่นแรก (เกิดจากพ่อแม่ที่เป็นเนเชอรัล) ที่อาศัยอยู่ในโคโลนี่เป็นกลางชื่อ เฮลิโอโพลิส และเข้าได้ไปพัวพันกับสงครามหลังจากการโจมตีของ ZAFTที่เข้าโจมตีเฮลิโอโพลิสเพื่อชิงโมบิลซูทโค้ดเนมG (กันดั้ม) และทำให้เขาได้พบกับเพื่อนรักในอดีตอัสรัน ซาล่าอีกครั้ง

หลังจากเหตุการณ์นั้นพร้อมกับฝีมือในการบังคับโมบิลซูทของเขา ทำให้เขาได้เป็นนักบินของ GAT-X105 Strike และเข้าประจำการในกองทัพพันธมิตรของฝ่ายโลก OMNI กับยานอาร์คแองเจิล ในฐานะร้อยตรี คิระ ยามาโตะ (แต่งตั้งหลังจากที่พบกองยานที่ 8 ของกองทัพโลก) ซึ่งนั้นทำให้เขากับอัสรันกลายเป็นศัตรูโดยปริยาย

การเดินทางและการต่อสู้บ่อยครั้งทำให้ฝีมือของเขาพัฒนาอย่างรวดเร็วจนน่าตกใจ และนั่นทำให้เขาเผลอฆ่าเพื่อนร่วมทีมของอัสรัน บวกกับการตายของทอลล์โดยฝีมือของเพื่อนรัก จนเป็นเหตุให้ทั้งสองเข้าห้ำหั่นแบบไม่เกรงใจกัน ก่อนจะถูกอัสรันใช้กันดั้มเอจิสเข้าประชิดและระเบิดตัวเอง

คิระรอดมาได้ด้วยการช่วยเหลือของ "โลว์ กิล" (ตัวเอกจากซี๊ดแอสเทรย์ (Seed Astray) ที่เป็นภาคเสริมของมังงะ) และบาทหลวงมาร์คิโอ ซึ่งพาคิระไปรักษาที่แพลนท์ และนั่นทำให้เขาได้พบกับลักส์ ไคลน์อีกครั้งหนึ่ง

เมื่อคิระได้ทราบเรื่องว่า อาร์คแองเจิ้ลที่เดินทางไปอลาสก้านั้นกำลังตกในอันตราย และด้วยความช่วยเหลือของลักส์ในการขโมยกันดั้มรุ่นใหม่ล่าสุดที่ถูกพัฒนาอย่างลับๆ ZGMF-X10A Freedom Gundamทำให้คิระได้กลับคืนสู่สนามรบอีกครั้ง

เมื่ออาร์คแองเจิ้ลเดินทางมายังออร์บอีกครั้ง อัสรันได้เดินทางมาเพื่อปรับความเข้าใจกับคิระ และร่วมสู้ด้วยกัน ในฐานะเป็นกลาง ทำให้ทั้งคู่ได้กลับมาเป็นเหมือนเก่าอีกครั้ง และร่วมสู้รบกัน เพื่อนำพาสันติภาพมาสู่ทุกฝ่าย